V životnom prostredí existujú dva zdroje molybdénu

(1) Zvetrávanie uvoľňuje molybdén z hornín. Odhaduje sa, že 1,000 tona sa ho ročne dostane do vodných útvarov a pôdy a migruje cez životné prostredie. Nerovnomerné rozloženie molybdénu spôsobuje v niektorých oblastiach „ochorenia pôdy a vody“ v dôsledku nedostatku molybdénu a v niektorých oblastiach „ochorenia dny“ (napr. Arménsko) v dôsledku vysokého obsahu molybdénu.
(ii) Širšie využitie molybdénu v ľudských činnostiach a spaľovanie fosílnych palív obsahujúcich molybdén (napr. uhlia) zvýšili množstvo molybdénu cirkulujúceho v životnom prostredí. Celosvetová produkcia molybdénu je 100000 ton ročne a 800 ton molybdénu sa ročne spáli a uvoľní do životného prostredia. Množstvo molybdénu pridaného do cyklu ľudskou činnosťou presahuje prirodzený cyklus. Najviac využívajú molybdén metalurgia, elektronika, rakety a vesmír, atómová energia, chémia a poľnohospodárstvo. Znečistenie molybdénom nebolo dostatočne študované.

Transport molybdénu v prostredí súvisí s oxidačnými a redukčnými podmienkami, kyslosťou a zásaditosťou prostredia a vplyvom iných médií. Čím je voda a pôda oxidujúcejšia a zásaditejšia, tým ľahšie molybdén tvorí ióny MoO; rastliny môžu v tomto stave absorbovať molybdén. Zvyšuje sa kyslosť prostredia alebo sa zvyšuje redukovateľnosť, molybdén sa ľahko premieňa na komplexné ióny a prípadne tvorí MoO; tento stav molybdénu je ľahko fixovaný ílom a pôdnymi koloidmi a humínovou kyselinou a stáva sa neaktívnym a nemôže byť absorbovaný rastlinami. V oceáne redukujúce prostredie hlbokého mora spôsobuje, že molybdén sa adsorbuje organickými látkami a potom sa obalí koloidmi obsahujúcimi mangán, pričom nakoniec vytvoria uzliny, ktoré klesajú na dno mora a sú odstránené z kolobehu biosféry.
Molybdén má malý vplyv na teplokrvné živočíchy a ryby. Vysoké hladiny molybdénu majú negatívny vplyv na rastliny, testy ukazujú, že: koncentrácia molybdénu 0,5 ~ 10}0 mg/l, keď bude mať rast ľanu rôzny stupeň vplyvu; 10 ~ 20 mg / liter, keď rast sójových bôbov má škodlivý účinok; 25 ~ 35 mg / liter, keď je rast bavlny mierne škodlivý; 40 mg / liter, keď rast cukrovej repy má škodlivý účinok. Keď koncentrácia molybdénu vo vode dosiahne 5 mg/l, biologické samočistenie vody bude inhibované; pri 10 mg/l bude tento účinok inhibovaný ešte viac a voda má silnú adstringentnú chuť; pri 100 mg/l sa mikrobiálny rast vodného útvaru spomalí a voda má horkú chuť. Čína stanovuje, že maximálna prípustná koncentrácia molybdénu v podzemnej vode je 0,5 mg/l, maximálna prípustná koncentrácia rozpustného molybdénu v dielenskom vzduchu je 4 mg/m3; a nerozpustného molybdénu je 6 mg/m3.